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Une polyprotéine est un long polypeptide produit par certains virus et à partir duquel les protéines virales sont produites sous l'action d'endopeptidases déjà présentes dans le virus ou la cellule hôte infectée. Ces protéases clivent la polyprotéine en des endroits spécifiques qui permettent de libérer des fragments fonctionnels formant les protéines et enzymes du virus. Les polyprotéines sont notamment produites par les virus dont le génome ne possède qu'une seul cadre de lecture. La plupart des protéines virales sont clivées par des peptidases pendant la traduction de l'ARN messager — on parle de traitement cotraductionnel. Le clivage peut être terminé par des peptidases virales ou cellulaires. Les polyprotéines peuvent également jouer un rôle important dans la formation de la capside virale, comme c'est le cas chez les picornavirus.

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