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En bio-informatique, le neighbour joining est une méthode phénétique de reconstruction d'arbres phylogénétiques. La méthode NJ est fondée sur l'exploitation de matrices de distances génétiques ou morphologiques comme toutes les méthodes phénétiques, telle que la méthode UPGMA, mais contrairement à cette dernière la méthode NJ tient compte du biais des différences de vitesse d'évolution entre les différentes branches de l'arbre phylogénétique à reconstruire en essayant de conserver l'additivité des distances. Cette méthode fournit un arbre non enraciné et non ultramétrique, contrairement à l'UPGMA qui fournit un arbre enraciné et ultramétrique. L'arbre obtenu ne reflète donc pas la similarité globale entre les différentes espèces, mais bien leurs relations de parenté.

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