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L'Histone H3 est une des 5 principales protéines histones qui sont impliquées dans la structure de la chromatine chez les cellules eucaryotes. La protéine présente un domaine principal globulaire et une longue queue N terminale et elle est un des composants du nucléosome et de la structure en « collier de perles » de la chromatine. Les protéines histones sont fortement modifiées de manière post-traductionnelle et l'histone H3 est celle qui est la plus modifiée. Le terme "Histone H3" est ambigu car il ne permet pas de discriminer les différences au niveau de la séquence ou l'état de modification de la protéine. L'Histone H3 est un acteur majeur dans le domaine de l'épigénétique car ses différents variants au niveau de la séquence et ses modifications sont impliqués dans la dynamique et la régulation de l'expression des gènes.

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