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Les fosmides sont des vecteurs artificiels constitués d'un plasmide hybride. Ils sont similaires aux cosmides mais sont basés sur le plasmide F au lieu de la séquence cos du phage lambda. Le vecteur de clonage est limité, car un hôte ne peut contenir qu'une seule molécule de fosmide. Les fosmides peuvent contenir des inserts d'ADN jusqu'à 40 kb ; souvent, la source de l'insert est constituée d'ADN génomique aléatoire. Une banque de fosmides est préparée en extrayant l'ADN génomique de l'organisme cible et en le clonant dans le vecteur fosmidique. Le mélange de ligation est ensuite encapsidé dans des particules de phage et l'ADN est transfecté dans l'hôte bactérien. Les clones bactériens propagent la banque fosmidique. Le faible nombre de copies offre une stabilité plus élevée que les vecteurs avec des nombres de copies relativement plus élevés, comme les cosmides. Les fosmides peuvent être utiles pour construire des banques stables à partir de génomes complexes. Ils possèdent une stabilité structurelle élevée et se sont avérés maintenir efficacement l'ADN humain même après 100 générations de croissance bactérienne. Des clones fosmidiques ont été utilisés pour aider à évaluer l'exactitude de la Séquence Publique du Génome Humain.

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