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FASTA est à l'origine un programme d'alignement de séquences d'ADN et de protéine développé par William R. Pearson en 1988. Au fil de son développement, il est devenu une suite de programmes, étendant ainsi ses possibilités en termes d'alignement. FASTA est le descendant du programme FASTP publié par David J. Lipman et William R. Pearson en 1985. Un des héritages de ce programme est le format de fichier FASTA qui est devenu un format standard en bioinformatique.

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