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Le FAIRE-Seq est une méthode utilisée en biologie moléculaire pour identifier les régions ADN du génome associées à une activité régulatrice. Cette technique fut développée dans le laboratoire de Jason D. Lieb à l'Université de Caroline du Nord, Chapel Hill. Contrairement au DNase-Seq, le protocole du FAIRE-Seq ne requiert pas la perméabilisation des cellules ou l'isolation des noyaux, et peut être utilisé pour étudier tout type cellulaire. Dans une étude de sept types cellulaires humains divers, le DNase-seq et FAIRE-seq ont produit un fort recoupement, avec chaque type cellulaire ayant 1-2 % du génome humain de chromatine ouverte.

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