DNase-Seq
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Le DNase-seq est une méthode utilisée en biologie moléculaire pour identifier et localiser des régions régulatrices, à partir du sequençage à haut débit des régions sensibles au clivage par la DNase I. Le FAIRE-Seq est un successeur du DNase-seq pour l'identification des régions d'ADN accessibles à l'échelle du génome. Ces deux protocoles, dédiés à l'identification de régions chromatiniennes ouvertes, sont sujets à certains biais dus aux structures nucléosomales sous-jascentes. Par exemple, le FAIRE-seq fournit un nombre de reads supérieur dans les régions régulatrices non-promotrices. Cependant, le signal DNase-seq est supérieur aux régions promotrices, et il a été montré que le DNase-seq possède une sensibilité supérieure au FAIRE-seq et ce même aux régions régulatrices non-promotrices. L'analyse bioinformatique de base des données générées par le biais du DNase-Seq est similaire à celle du Chip-Seq.
