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La théorie du séquençage de l'ADN désigne l'ensemble des travaux qui tentent de jeter les bases analytiques pour déterminer l'ordre des nucléotides spécifiques dans une séquence d'ADN donnée, autrement connu sous le nom de séquençage de l'ADN. Les aspects pratiques de cette théorie tournent autour de la conception et de l'optimisation de projets de séquençage, de la prévision des performances du projet, de la résolution des problèmes rencontrés dans les résultats expérimentaux, de la caractérisation de facteurs tels que le biais séquentiel et les effets des algorithmes des logiciels de traitement, et la comparaison de diverses méthodes de séquençage entre elles. En ce sens, elle pourrait être considérée comme une branche des domaines de l'ingénierie des systèmes ou de la recherche opérationnelle. Les archives permanentes de ces travaux sont principalement mathématiques, bien que des calculs numériques soient également souvent effectués pour traiter des problèmes particuliers. La théorie du séquençage de l'ADN traite des processus physiques liés au séquençage de l'ADN et ne doit pas être confondue avec les théories de l'analyse des séquences d'ADN résultantes, comme par exemple l'alignement des séquences. Les publications scientifiques ne font parfois pas de distinction minutieuse entre les deux, mais la deuxième catégorie est principalement concernée par les problèmes algorithmiques. La théorie du séquençage est basée sur des éléments issus des mathématiques, de la biologie et de l'ingénierie des systèmes, ce qui en fait donc un domaine hautement interdisciplinaire. Le sujet peut être étudié dans le cadre de la biologie numérique.

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