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Un carboxysome est un microcompartiment bactérien contenant des enzymes impliquées dans la fixation du carbone. Ces organites sont formés d'une coque protéique polyédrique d'environ 80 à 140 nm de diamètre. On les trouve chez toutes les cyanobactéries et de nombreuses bactéries chimiotrophes qui fixent le CO2. On pense que ces compartiments permettent de concentrer le dioxyde de carbone autour de la Rubisco afin de favoriser l'activité carboxylase de cette enzyme limitante du cycle de Calvin, dont elle catalyse la première étape.

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