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Le format cartographie d'alignement binaire, binary alignment map (BAM) est constitué de données brutes complètes sur le séquençage génomique ; il s'agit de la représentation binaire compressée sans perte du format SAM. La compression utilisée est le format BGZF. Les fichiers BAM peuvent être générés directement par les programmes d'alignement ou par SAMtools.

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